O Museu Arqueológico Nacional de Nápoles está entre os mais antigos e mais importantes do mundo pela riqueza e singularidade do seu património e pela sua contribuição para a cena cultural europeia. A origem e a formação das coleções são ligados à figura de Carlos III de Bourbon, no trono do Reino de Nápoles, a partir de 1734, e a sua política cultural: o rei promoveu a exploração do vesuvian cidades enterrada pela erupção de 79 d.C. (iniciada em 1738 em Herculano e, em 1748, na Pompéia), e supervisionou a construção da cidade para um Museu em Vez disso, através da transferência de residências em Roma e Parma e faz parte do rico acervo herdado da mãe Elisabetta Farnese.
É por seu filho Ferdinando IV plano para reunir no actual edifício, construído no final de 1500, com o destino de cavallerizza e a partir de 1616 até 1777 sede da Universidade, os dois núcleos de Farnese de coleta e a coleta do Vesúvio artefatos já expôs no Museu Herculano dentro do Palácio de Portici.
A partir de 1777, o edifício foi afetado por uma longa fase de renovações e projetos de expansão, confiados aos arquitetos F. Fuga e P. Schiantarelli. Na década de dominação francesa (1806-1815), as primeiras instalações foram feitas e com O Retorno dos Bourbons de Nápoles, em 1816, ele assumiu o nome de Real Museo Borbonico. Concebido como um Museu universal, abrigava institutos e laboratórios (a Biblioteca real, a Academia de desenho, a oficina papyri...), mais tarde transferido para outros locais em 1957.
As coleções do museu, que se tornou nacional em 1860, foram enriquecidas com a aquisição de achados de escavações nos locais da Campania e do Sul da Itália e de coleta privada. A transferência da Pinacoteca para Capodimonte em 1957 determina a fisionomia atual do Museu Arqueológico. Abriga coleções preciosas e achados arqueológicos distintos entre as idades pré-históricas e tardias Romanas, às quais se adicionam várias coleções históricas, incluindo as da família Farnesa, os Bórgia e a coleção do antigo Egito.