Creat en els anys 70 amb l'objectiu de recollir i exposar al públic les nombroses troballes procedents de les excavacions de Egnazia, es divideix en cronològic apartats i documents de la història de l'assentament, des dels seus orígens fins a la seva decadència.De particular interès són els exemplars de trozzella, la típica olla de la messapic cultura caracteritza per rodes de plàstic anomenada "trozze"- aplicada a les nanses. Al costat de la multa apule ceràmica amb figures vermelles, hi ha nombrosos vasos "Gnathia estil", en pintura de color negre amb la superposició de decoració en blanc i groc, estesa al llarg de la Puglia.
Les àmfores, així com la gran varietat d'artefactes, d'origen italià, àfrica i de l'est, donen testimoni de la importància del comerç, que va augmentar gràcies a la construcció del port i la via Traiana.El magnífic cap de Attis amb el típic phrygian cap, la pertinença a una estàtua de lletres de l'edat i, esculpit en marbre blanc, és un testimoni de la propagació del culte d'origen oriental de la Gran Mare Dels déus Cybele.