Il Museo della Basilica di sant’Eustorgio, che insieme alla basilica di Sant’Eustorgio e al Museo Diocesano Carlo Maria Martini è parte del complesso dei Chiostri di Sant’Eustorgio, è composto da importanti testimonianze monumentali e storico artistiche molto diverse fra loro ma di importanza fondamentale nel contesto milanese, a partire dal Cimitero Paleocristiano, che si trova sotto la navata della chiesa, dove fra il 1959 e il 1962 furono rinvenuti i resti di una necropoli tardo antica.
Del Museo fanno inoltre parte i due monumentali ambienti della Sala Capitolare e della sacrestia Monumentale attraverso i quali si accede alla Cappella Portinari. Quest’ultima, capolavoro dell’architettura rinascimentale lombarda, è stata realizzata tra il 1462 e il 1468 circa su commissione di Pigello Portinari costituisce una testimonianza fondamentale degli esordi di un linguaggio rinascimentale di matrice toscana innestato sulla cultura lombarda.
Grande rilievo assume la ricca decorazione plastica, prevalentemente in terracotta, che dialoga con gli splendidi affreschi di Vincenzo Foppa dedicati alle storie di San Pietro Martire. Al centro della cappella si trova l’Arca di san Pietro Martire straordinaria testimonianza della scultura gotica, realizzata da Giovanni di Balduccio fra il 1336 e il 1339.