Construido en los años 70 para recoger y exponer al público los numerosos hallazgos de las excavaciones de Egnatia, está dividido en secciones cronológicas y documenta la historia del asentamiento desde sus orígenes hasta su decadencia. De particular interés son los ejemplos de trozzella, un jarrón típico de la cultura Messapiense caracterizado por ruedas de plástico -llamadas "trozze"- aplicadas en las asas. Junto a las valiosas cerámicas de cifras rojas de Puglia, hay numerosos jarrones de "estilo Gnathia", barnizados en negro con decoración superpuesta en blanco y amarillo, extendidos por toda Puglia.
Las ánforas, así como la gran variedad de artefactos de origen italiano, africano y oriental, atestiguan la importancia del comercio, incrementado gracias a la construcción del puerto y de la Vía Traiana. La hermosa cabeza de Attis con el típico gorro frigio, perteneciente a una estatua de la edad adriática tallada en fino mármol blanco, es un testimonio de la difusión del culto de origen oriental de la Gran Madre de los Dioses Cibeles.