Realizzato negli anni ’70 allo scopo di raccogliere ed esporre al pubblico i numerosi reperti provenienti dagli scavi di Egnazia, è suddiviso in sezioni cronologiche e documenta la storia dell’insediamento dalle origini fino al suo declino.Di particolare interesse sono gli esemplari di trozzella, vaso tipico della cultura messapica caratterizzato da rotelle plastiche – dette “trozze”- applicate sulle anse. Accanto alle pregevoli ceramiche apule a figure rosse, sono presenti numerosi vasi “di stile Gnathia”, a vernice nera con decorazione sovrapposta in bianco e giallo, diffusi in tutta la Puglia.
Le anfore, così come la grande varietà di manufatti di provenienza italica, africana e orientale, testimoniano l’importanza dei commerci, incrementati grazie alla realizzazione del porto e della via Traiana.La splendida testa di Attis con il tipico berretto frigio, appartenente a una statua di età adrianea scolpita in pregiato marmo bianco, è una testimonianza della diffusione del culto di provenienza orientale della Grande Madre degli Dei Cibele.