Het Museo Lapidario Estense is het eerste openbare museum in Modena. De stichting is te danken aan hertog Frans IV van Oostenrijk-Este, die op 31 maart 1828 haar geboorte verordende met de naam van het Modenese Lapidary Museum. Het werd geïnspireerd door illustere voorbeelden zoals het Maffeiano Lapidary Museum van Verona (1738), of de lapidary Gallery in het Chiaramonti Museum in het Vaticaan (1800-1823), maar met een eigenaardige burgerlijke roeping gericht op het verheerlijken van het illustere verleden van de stad sinds zijn oorsprong als een Romeinse kolonie van Mutina.
De oorspronkelijke kern bestond uit enkele stukken die reeds bewaard waren gebleven in het Doge ' s Palace in Modena, die door de Este uit andere antieke collecties waren verkregen of als opgravingen uit de hertogelijke gebieden van Brescello en Novellara. Vanaf het begin beloofden de burgers, te beginnen met de vertegenwoordigers van de geestelijkheid en van de adel, om materiaal te doneren aan hun eigendommen en het museum te financieren, dat in een paar jaar een aanzienlijke toename registreerde, die wordt bevestigd door de twee inscripties herdenkingsherdenking van zijn weldoeners (1828 en 1830) is nog steeds bewaard. De wetenschappelijke catalogus gepubliceerd in 1830 door zijn eerste directeur, Carlo Malmusi, schetste de principes die de instelling inspireerden: " om archeologie" te dienen;, " voor de nagedachtenis van illustere voorouders"en " om de voortgang van de lokale beeldhouwkunst" te bestuderen;. Naast de vondsten van het Romeinse tijdperk, in feite verwelkomde het onmiddellijk in de herinneringen en de archeologische begrafenis voor eeuwen, tot het einde van de zeventiende eeuw, was geplaatst op het kerkhof aan de zuidkant van de kathedraal of in andere heilige gebouwen van Modena en Reggio Emilia: een praktijk ontstond zelfs in het tijdperk van de protoumanistica, op basis van de nabij Bologna, ter nagedachtenis van de burgers die vooral op het gebied van recht en geneeskunde werden onderscheiden.
Na de eenwording van Italië, het Museo Lapidario verworven nieuwe ruimtes onder leiding van Arsenio Crespellani, auteur van een nieuwe catalogus in 1897. Het Laatste museografische arrangement was dat van Cesare Giorgi uit 1938, hersteld met de zorgvuldige restauratiewerkzaamheden van het einde van de vorige eeuw.