Pradėta 13 amžiaus pradžioje kaip ankstesnės romaninės bažnyčios pakaitalas, statyba tęsėsi likusį šimtmetį vietiniu Scheldt gotikos stiliumi (pavadinta netoliese esančios upės vardu). Šiam stiliui būdingas mėlynai pilkos spalvos akmuo iš Tournai rajono, vienas didelis bokštas virš perėjos ir liekni bokšteliai pastato kampuose.
Mikalojaus bažnyčia buvo populiari gildijose, kurių nariai vykdė savo verslą netoliese, pastatyta senajame Gento prekybos centre šalia triukšmingo Korenmarkt (kviečių turgus). Gildijos turėjo savo koplyčias, kurios buvo pridėtos prie bažnyčios šonų 14 ir 15 amžiuje.
Centrinis bokštas, kurį iš dalies finansavo miestas, tarnavo kaip apžvalgos postas ir nešė miesto varpus, kol kaimyninė Gento varpinė buvo pastatytas. Šie du bokštai kartu su Šventojo Bavo katedra vis dar apibrėžia garsiąją viduramžių miesto centro panoramą. Vienas iš bažnyčios lobių yra jos vargonai, kuriuos pagamino garsus prancūzų vargonų statytojas Aristide Cavaillesome-Coll.
Pastatas per amžius palaipsniui blogėjo tiek, kad kėlė grėsmę jo stabilumui. Įtrūkimai buvo padengti tinku, langai buvo mūryti, kad sutvirtintų sienas, o 18 amžiuje prieš sunykusius fasadus buvo pastatyti maži namai ir parduotuvės. Susidomėjimas Bažnyčia kaip istoriniu paminklu kilo apie 1840 m., o 20 amžiaus sandūroje atsirado pagrindiniai restauravimo planai. Namai šalia bažnyčios buvo nugriauti ir nuo to laiko buvo atlikta daug atnaujinimo darbų.