Muzeum Archeologiczne znajduje się w niezwykłym kontekście architektonicznym, dawnym klasztorze Maggiore San Maurizio, założonym w VIII wieku n. e., gdzie historia starożytnego Mediolanu wciąż pokazuje jego ślady. Plac został zajęty przez budynek mieszkalny z I wieku naszej ery, ściany i duży rzymski cyrk przylegający do Pałacu Cesarskiego z końca III wieku naszej ery, z którego zachowały się znaczne pozostałości.
Kolekcje są wystawiane w różnych salach w zależności od kultury, do której należą. Na parterze, obok pierwszej siedziby (dekoracja architektoniczna pochodzenia mediolańskiego) znajduje się sekcja poświęcona Milano Antica. Trasa zwiedzania jest kontynuowana w wewnętrznym klasztorze ("Towarzystwo Mediolańskie przez epigrafy"), gdzie można zwiedzić wielokątną wieżę (koniec III wieku) z freskami altomedioevali (XIII wiek).
W piwnicy można odwiedzić sekcję Sztuki Gandhara i sekcję żyć w Mediolanum. Z wewnętrznego klasztoru muzeum, ścieżką biegnącą przez mury rzymskie, dotrzesz do budynku Via Nirone 7, nowego rozszerzenia Muzeum. Na parterze, obok sali konferencyjnej, znajduje się trasa poświęcona muzyce starożytnej (ciche dźwięki. Obrazy i instrumenty muzyczne obywatelskiego Muzeum Archeologicznego w Mediolanie). Parter jest wystawiony w sekcji wczesnego średniowiecza, zgodnie z sekcją Etrusków, natomiast trzecie piętro jest dedykowany do sekcji Greckiej. Z Małej Sali na końcu sekcji Etruskiej można spojrzeć na dwie rzymskie wieże kompleksu klasztornego Maggiore. Wewnątrz wielobocznej wieży murów eksponowana jest rzeźba podarowana gminie Mediolanu Mimmo Paladino. Zbiory egipskie, prehistoryczne i Protostorskie są eksponowane w salach Zamku wicehrabiego Sforza.