Vinculada a la figura del Abad Gioacchino da Fiore, la abadía fue construida después de su muerte, entre 1215 y 1234, pero ha logrado mantener intactas todas las características de la arquitectura Gioachimita. Partiendo de su ubicación espacial, en un lugar aislado para la época, pero en el centro histórico hoy en día, a más de 1000 metros sobre el nivel del mar; hasta el uso del recurso lítico local y los trabajadores internos. En resumen, todos los elementos que se refieren al estilo de vida simple y austero del Santo, se encuentran, entre otras cosas, en sus escritos, en los que presenta las tres actividades principales del hombre: el trabajo manual, la doctrina y la oración.
El hecho de que todas las iglesias tengan casi la misma estructura, sugiere la existencia de una verdadera escuela, con su lenguaje arquitectónico. El de San Giovanni in Fiore, en concreto, es de una sola nave, con paredes desnudas, tal y como se predijo el ideal de pobreza; el altar es barroco y tiene una estatua de madera de San Juan Bautista, y los 4 rosetones que hay detrás de él dan una atmósfera sorprendente con un juego de luces y sombras; en lo alto de la escalera, a la derecha del altar, se conserva, en la cripta, la urna con los restos de Gioacchino da Fiore, en la que está grabado un verso dantesco dedicado a él: "...y me iluminará desde el lado, el abad calabrés Joachim, de espíritu profético dotado." Las salas de la Abadía albergan desde 1982 el Centro Internacional de Estudios Gioachimiti, mientras que la planta baja y el primer piso del ala este albergan uno de los museos etnográficos más interesantes del sur de Italia: el Museo Demológico de Economía, Trabajo e Historia Social Silana, inaugurado en 1984.