Stavba, ktorá sa začala začiatkom 13.storočia ako náhrada za starší románsky kostol, pokračovala po zvyšok storočia v miestnom Šelde gotický štýl (pomenovaný podľa neďalekej rieky). Pre tento štýl je typické použitie modrošedého kameňa z oblasti Tournai, jednej veľkej veže nad križovatkou a štíhlych veží v rohoch budovy.
Kostol svätého Mikuláša, postavený v starom obchodnom centre v Gente vedľa rušného Korenmarktu (trh s pšenicou), bol obľúbený u cechov, ktorých členovia podnikali neďaleko. Cechy mali svoje vlastné kaplnky, ktoré boli pridané po stranách kostola v 14.a 15. storočí.
Centrálna veža, ktorú čiastočne financovalo mesto, slúžila ako pozorovacie stanovište a niesla mestské zvony, až kým nebola postavená susedná zvonica v Gente. Tieto dve veže spolu s katedrálou svätého Bava stále definujú slávnu stredovekú panorámu centra mesta. Jedným z pokladov kostola je jeho organ, ktorý vyrobil slávny francúzsky organár Aristide Cavaillé-Zb.
Budova sa v priebehu storočí postupne zhoršovala do tej miery, ktorá ohrozovala jej stabilitu. Trhliny boli obložené omietkou, okná boli zamurované, aby spevnili steny, a v 18.storočí boli na chátrajúcich fasádach postavené domčeky a obchody. Záujem o kostol ako historickú pamiatku vznikol okolo roku 1840 a na prelome 20.storočia sa objavili veľké plány obnovy. Domy vedľa kostola boli zbúrané a odvtedy sa vykonalo veľa renovačných prác.