Dynastická knižnica zhromažďuje knižničnú zbierku Estensi, ktorej prvé stopy sa datujú do štrnásteho storočia. Na podnet Markíza Niccolò III prevzal charakter významnej humanitnej knižnice bohatej na diela literárneho obsahu, umeleckého a historického, a jeho rozpočet v období výrazne vzrástol na humanistické a renesančné rukopisy, cenné a základné vydania v tlači, vďaka rafinovanému a starostlivému povolaniu zberateľom vojvodov Este. V roku 1598 nasledovala knižnica dynastiu pri prevode hlavného mesta z Ferrary do Modeny.
V nasledujúcich storočiach bola knižnica Estense naďalej obohatená o diela miestneho a medzinárodného charakteru, o finančné prostriedky vyplývajúce z potlačenia náboženských rádov a odkazov na akvizície a tiež z dôvodu osvietenej činnosti slávnych knihovníkov, ako sú Ludovico Antonio Muratori a Girolamo Tiraboschi. Po zjednotení Talianska sa Knižnica Estense zlúčila s univerzitnou knižnicou, ktorá niesla dôležitú zbierku filozofických, právnych a vedeckých textov: Zrodila sa tak knižnica Estense University Library, dnes moderný inštitút národného záujmu.