Die Kirche und das Benediktinerkloster auf der Insel St. Mary's auf Mljet gehören zu den ältesten Kirchenkomplexen der Adria. Die Geschichte der Kirche und des Klosters geht auf das Jahr 1151 zurück, als Benediktinermönche aus Apulien, einer südlichen Region Italiens auf der Halbinsel Gargano, bekannt als Pulsanesi Eremites, die Insel Mljet als Geschenk oder Schenkung des Herzogs von Zahumlje, dem heutigen Herrscher der heutigen Regionen Herzegowina und Süd-Dalmatien, erhielten.
Die Benediktinermönche, die zur Abtei St. Mai's von Pulsano (Santa Maria di Pulsano - daher der Name) gehörten, bauten das romanische Kloster und die Kirche St. Maria auf der Insel St. Mary auf den Ruinen der bereits vorhandenen sakralen Denkmalreste. Die erste Erwähnung des Klosters stammt aus den 1220er Jahren, als der Name des Marienklosters in den offiziellen Dokumenten dieser Zeit erwähnt wird.
Der Komplex wurde im 15. und 16. Jahrhundert umgebaut und erweitert, als das bestehende Gebäude um Renaissanceteile erweitert wurde. Die gesamte Klosteranlage wurde im Stil einer Renaissance-Villa und eines Renaissance-Gartens errichtet. Die Kirche ist sehr ähnlich der Santa Margherita in Bisceglie, Apulien, Italien, die in der gleichen Zeit (1197) gebaut wurde. Der Turm und die umgebenden Mauern, die das Kloster, die Kirche und den Garten umgeben, wurden Ende des 17. Jahrhunderts errichtet.
Es ist eine bekannte Tatsache, dass das Kloster Ende des 14. Jahrhunderts als Quarantäne benutzt wurde, die erste in Kroatien, da die Mönche auch Apotheker praktizierten.
Damals war die gesamte Insel St. Mary's ein Olivenhain mit etwa hundert Olivenbäumen, die dort noch wachsen.
Die Benediktiner befanden sich im Besitz der Insel und des Klosters, bis sie 1808, ebenso wie die Republik Ragusa, von Napoleon Bonaparte abgeschafft wurden. Sie gingen am 31.05.1808 und seitdem wurde das Klostergut zur Schulstiftung. Aufgrund des sehr hohen Risikos von Piratenangriffen wurde die gesamte Klosteranlage durch mass