Kościół i klasztor benedyktynów na wyspie Mariackiej na Mljet należą do najstarszych kompleksów kościelnych na Adriatyku. Historia Kościoła i klasztoru sięga 1151 roku, kiedy to benedyktyńscy mnisi z Apulii, południowych Włoch na półwyspie Gargano, znani jako Pulsanesi Eremites, otrzymali wyspę Mljet jako teraźniejszość lub darowiznę od księcia Zahumlje, obecnego władcy współczesnych regionów Hercegowiny i południowej Dalmacji.
Mnisi benedyktyńscy, którzy należeli do opactwa św. Maja z Pulsano (Santa Maria di Pulsano - stąd nazwa) wybudowali klasztor romański i kościół św. Pierwsza wzmianka o Klasztorze pochodzi z lat dwudziestych XX wieku, kiedy to nazwa Klasztoru Mariackiego została wymieniona w ówczesnych dokumentach urzędowych.
Kompleks został przebudowany i rozbudowany w XV i XVI wieku, kiedy to do istniejącego budynku dobudowano części renesansowe. Cały kompleks klasztorny został zbudowany w stylu renesansowej willi i ogrodu. Kościół jest bardzo podobny do Santa Margherita w Bisceglie, Puglia, Włochy, który został zbudowany w tym samym okresie (1197). Wieża i otaczające ją mury otaczające klasztor, kościół i ogród powstały pod koniec XVII wieku.
Wiadomo, że pod koniec XIV wieku klasztor służył jako kwarantanna, pierwsza w Chorwacji, ponieważ mnisi praktykowali również farmaceuci.
W tym czasie cała wysepka Mariacka była gajem oliwnym, w którym rośnie około stu drzewek oliwnych.
Benedyktyni byli w posiadaniu wyspy i klasztoru aż do 1808 roku, kiedy to, podobnie jak Republika Ragusa, zostali zniesioni przez Napoleona Bonapartego. Wyszli 31.05.1808 r. i od tego czasu majątek klasztorny stał się fundacją szkolną. Ze względu na bardzo wysokie ryzyko ataków piratów, cały kompleks klasztorny został ufortyfikowany masywnymi murami i wieżami.