Outra paragem a fazer, também na área central da cidade, é a Igreja de San Giovanni A Mare, também conhecida como a Igreja de San Giuseppe. É uma autêntica jóia escondida no coração de Gaeta. Construído sobre um antigo local sagrado para cristãos destruída pelo terremoto de 1213, a igreja foi construída usando alguns elementos decorativos, tais como colunas, todas desigual entre eles, e entre os séculos XV e XVII, foi enriquecido com afrescos e barroco decorações removido após a restauração de 1928.O local de culto é composto por 3 naves apoiadas pela Pedra, para os tempos Romano e medieval. A igreja, em estilo Bizantino com uma cruz latina, tem no centro uma cúpula decorada do lado de fora com motivos arabescos que datam do século XI. O altar é consideravelmente elevado acima do piso da assembleia e o chão é particularmente inclinada para garantir uma maior perspectiva para o lugar de adoração: por esta razão, é importante recordar a tradição popular, que viu a água do mar entrar na igreja e facilmente defluirne graças ao chão inclinado: é necessário considerar, no entanto, que até o século Xvi, alguns metros em frente da fachada da igreja correram as muralhas que cercavam a aldeia inteira.
A restauração de 1928, promovido pelo Ministro Pietro Fedele e coloque sob a direção de Gino Clérigos, levou à remoção do mobiliário de volta para a idade média, trazendo à luz os restos de frescos dos primeiros anos do século Xiv, atribuído à escola de Cavalos (pinturas, em parte, solto e agora exposta no Museu Diocesano, a Visitação, santa Ágata, virgem e Criança entronizado e S. Lorenzo). Na era barroca na Igreja havia vários altares, principalmente em estuque, dedicados a S. Sebastiano e S. Rocco, SS. Cosma E Damiano, SS. Rosario, S. Gaetano, S. Giuseppe. Este último altar foi patrono da Irmandade dos Carpinteiros (1628), daí o segundo nome da Igreja. No início do século XVIII, a fachada foi dada a sua aparência atual, com simples volutos laterais e uma torre de sino. No final do século XIX, a igreja estava equipada com um pequeno órgão escolar napolitano, que permaneceu in situ até, pelo menos, os anos sessenta do século passado.
Durante as restaurações de 1928, o altar-mor foi transferido para a Igreja de S. Maria della Catena e substituído pelo atual, feito pela reutilização de uma placa de sarcófago romano com hipogrifos remodelados já no século XV. Também durante as obras foram encontrados alguns fragmentos decorativos medievais e uma urna cinzenta, hoje murada nas paredes laterais. Vestígios do Chão de mármore original da Igreja permanecem em um dos degraus em frente ao altar.