Hrad Nijo byl postaven v roce 1603 jako Kjótská rezidence Tokugawa Ieyasu, první šógun období Edo (1603-1867). Jeho vnuk Iemitsu dokončil zámecké palácové budovy o 23 let později a dále rozšířil hrad přidáním pětipatrového zámku.
Po pádu šógunátu Tokugawa v roce 1867 byl hrad Nijo chvíli používán jako císařský palác, než byl darován městu a otevřen veřejnosti jako historické místo. Jeho palácové budovy jsou pravděpodobně nejlépe dochovaných příkladů hrad, palácové architektury z Japonské feudální éry, a hrad byl určen na seznamu světového dědictví unesco v roce 1994.