Parmi les édifices religieux à découvrir à Gallipoli, le plus important est la cathédrale de Sainte-Agata. Construite à partir de 1629, elle est située près du centre de la ville, où elle est entourée de nombreux palais. C'est le plus important bâtiment d'architecture baroque de Gallipoli.
Quelques siècles plus tôt, sur le même site, il y avait une autre église, d'abord dédiée à Saint Jean Chrysostome puis, à partir de 1126, à Sainte Agata mais cette église a été détruite.
La façade de la cathédrale est en pierre et comprend diverses statues représentant Sainte Agata et d'autres saints. L'intérieur de la cathédrale a une forme de croix latine avec trois nefs entremêlées de deux rangées de colonnes doriques et un autel en marbre polychrome. Dans les deux nefs se trouvent 12 autels mineurs.
Francesco Bischettimi et Scipione Lachibari, d'après un dessin de Giovan Bernardino Genuino (XVIIe siècle), sont les créateurs de l'œuvre. Les décorations intérieures sont en grande partie l'œuvre de Giovanni Andrea Coppola (1597-1659), originaire de Gallipoli, qui a peint plusieurs des autels.
En plus de nombreuses œuvres d'art impressionnantes, la cathédrale abrite de nombreuses reliques de saints.