Entre os edifícios religiosos para descobrir em Gallipoli o mais importante é a Catedral de Santa Ágata. Construída a partir de 1629, está situada perto do centro da cidade, onde está rodeada por vários palácios, e é o mais importante edifício de arquitetura barroca em Gallipoli.
Vários séculos antes, no mesmo local, havia uma outra igreja, primeiramente dedicada a São João Crisóstomo e, em seguida, a partir de 1126, a Santa Ágata, mas esta igreja foi destruída.
A fachada da Catedral é feita de pedra e incorpora várias estátuas representando Santa Ágata e outros santos. O interior da Catedral tem uma forma de cruz latina com três naves misturadas com duas linhas de colunas dóricas e um altar de mármore policromado. Nos dois corredores estão 12 altares menores.
Francesco Bischettimi e Scipione Lachibari, seguindo um desenho de Giovan Bernardino Genuino (século XVII), foram os criadores da obra. As decorações interiores são em grande parte obra de Giovanni Andrea Coppola (1597-1659), um nativo de Gallipoli que pintou vários dos altares.
Além de muitas obras de arte impressionantes, existem numerosas relíquias de Santos preservadas na Catedral.