Entre los edificios religiosos que hay que descubrir en Galípoli el más importante es la Catedral de Santa Ágata. Construida a partir de 1629, está situada cerca del centro de la ciudad, donde está rodeada de numerosos palacios, y es el edificio de arquitectura barroca más importante de Gallipoli.
Varios siglos antes, en el mismo sitio, había otra iglesia, primero dedicada a San Juan Crisóstomo y luego, desde 1126, a Santa Ágata, pero esta iglesia fue destruida.
La fachada de la catedral es de piedra e incorpora varias estatuas que representan a Santa Ágata y otros santos. El interior de la catedral tiene forma de cruz latina con tres naves entremezcladas con dos filas de columnas dóricas y un altar de mármol policromado. En las dos naves se encuentran 12 altares menores.
Francesco Bischettimi y Scipione Lachibari, siguiendo un dibujo de Giovan Bernardino Genuino (siglo XVII), fueron los creadores de la obra. La decoración interior es en gran parte obra de Giovanni Andrea Coppola (1597-1659), nativo de Gallipoli que pintó varios de los altares.
Además de muchas obras de arte impresionantes, hay numerosas reliquias de santos conservadas en la catedral.