Slavnostně otevřen v roce 2001 Kardinál Carlo Maria Martini, jemuž byl pak jmenován v roce 2017, muzeum je bod příjezdu důležitého projektu, na který některé z největších postav Milanese Arcibiskupů dvacátého století se vzhledem k jejich rozhodující příspěvek. Jeho počátky sahají do první intuice blahé Ildefonso Schuster v roce 1931, poté se ujal Kardinál Montini v roce 1960, které označuje jako sídlo nového muzea, kláštery Sant ' eustorgio, jedním z klíčových míst pro historii Božsky Křesťanství. Nakonec byl kardinál Martini v osmdesátých letech pověřen obtížným úkolem zahájit rekonstrukční práce klášterů, těžce poškozených bombardováním druhé světové války, svěřených studiu Belgiojoso.Byl zde umístěn první Dominikánský klášter v Miláně, počínaje třináctým stoletím, a dva kláštery, kde se nachází Muzeum baziliky Sant ' Eustorgio a Diecézní muzeum, jsou pozůstatky tohoto starobylého kláštera.
Stálá sbírka diecézního muzea, která zaujímá druhý klášter, se skládá z více než tisíce děl mezi II. a XXI. stoletím. Z Arcibiskupské kanceláře přišel sbírek Milanese arcibiskupů (část Monti, Visconti, Riccardi, Milán sbírky, a kompletní Erba Odescalchi kolekce).
Kromě obrazů z kostelů diecéze Muzeum zachovává významnou skupinu děl liturgického nábytku. Kolekce je doplněna sekce věnovaná zlaté fondy (funguje Čtrnáctého a patnáctého století, většinou Toskánské, shromážděná Prof. Alberto Crespi a daroval do muzea), stejně jako sochy a obrazy ze sbírky Caterina Marcenaro, kresby z Sozzani sběr a drahých Schubert dědictví.
Konečně, první jádro sochařských děl Lucio Fontana, byly přidány četné práce XX a XXI století, prohlášení o rostoucí zájem muzea o současnosti.