2001 atklāja kardināls Carlo Maria Martini, kuram tas tika nosaukts 2017, muzejs ir nozīmīga projekta ierašanās punkts, kurā daži no lielākajiem divdesmitā gadsimta Milānas arhibīskapu skaitļiem ir devuši izšķirošu ieguldījumu. Tās pirmsākumi meklējami 1931. gadā svētītā Ildefonso Šustera pirmajā intuīcijā, pēc tam kardināls Montini 1960. gadā, kas kā jaunā muzeja mītni norāda Sant ' eustorgio klosterus, kas ir viena no galvenajām Ambrosian kristietības vēstures vietām. Visbeidzot, kardināls Martini astoņdesmitajos gados tika uzticēts sarežģītajam uzdevumam uzsākt Otrā pasaules kara bombardēšanas smagi bojāto klosteru rekonstrukcijas darbu, kas uzticēts Belgiojoso studijai.Pirmais Dominikānas klosteris Milānā atradās šeit, sākot no trīspadsmitā gadsimta, un divi klosteri, kur atrodas sant ' eustorgio bazilikas muzejs un diecēzes muzejs, ir tas, kas paliek no šī senā klostera.
Diecēzes muzeja pastāvīgā kolekcija, kas aizņem otro klosteri, sastāv no vairāk nekā tūkstoš darbiem starp II un XXI gadsimtiem. No arhibīskapa biroja nāca Milānas arhibīskapu kolekcijas (daļa no Monti, Viskonti, Riccardi, Pozzobonelli kolekcijas un pilnīga Erba Odescalchi kolekcija).
Papildus gleznām no diecēzes baznīcām muzejs saglabā ievērojamu liturģisko mēbeļu darbu grupu. Kolekciju papildina sadaļa, kas veltīta zelta fondiem (četrpadsmitā un piecpadsmitā gadsimta darbi, galvenokārt Toskānas, ko savāc Prof. Alberto Crespi un ziedoti muzejam), kā arī skulptūras un gleznas no Caterina Marcenaro kolekcijas, zīmējumi no Sozzani kolekcijas un dārgā Šūberta mantojums.
Visbeidzot, pirmajam Lucio Fontana Skulpturālo darbu kodolam tika pievienoti daudzi XX un XXI gadsimta darbi, kas apliecina muzeja pieaugošo interesi par laikmetīgumu.