Civic a .uarium har til huse i en smuk liberty-bygning, der med sine friser og majolica fortæller dens indhold udenfor. Det blev etableret i 1906, som en del af Milanos internationale udstilling, og er den eneste pavillon, der er bygget i Sempione-parken, som ikke er blevet demonteret, når begivenheden sluttede. Det er det tredje ældste akvarium i Europa. Det ligger ved siden af Civic Arena og på kanten af Sempione Park, hvis elliptiske arkitektur gengiver.
Det nuværende layout af bygningen og badene er resultatet af renoveringen (2003-2006), der har returneret Instituttet i sin nye form til besøgende og borgere.