Započeta početkom 13. vijeka kao zamjena za raniju Romaničku crkvu, gradnja se nastavila kroz ostatak stoljeća u lokalnom Scheldt gotskom stilu (nazvanom po obližnjoj rijeci). Tipično za ovaj stil je upotreba plavo-sivog kamena iz područja Tournai, jedinstvene velike kule iznad prelaza i vitkih kupola na uglovima zgrade.
Izgrađena u starom trgovinskom centru Genta pored užurbanog Korenmarkta (tržnica pšenice), Crkva Svetog Nikole bila je popularna među cehovima čiji su članovi obavljali svoj posao u blizini. Cehovi su imali svoje kapele koje su dodate sa strane crkve u 14.i 15. veku.
Centralna kula, koju je dijelom finansirao Grad, služila je kao osmatračnica i nosila je gradska z ona s e dok nije izgrađen susjedni z Onik Genta. Ove dvije kule, zajedno sa Katedralom Saint Bavo, i dalje definiraju poznati srednjovjekovni horizont centra grada. Jedno od blaga crkve je njen organ, koji je proizveo poznati francuski graditelj organa Aristide Cavaillé-Coll.
Zgrada se postepeno pogoršavala kroz vijekove, do stepena koji je prijetio njenoj stabilnosti. Pukotine su prekrivene gipsom, prozori su bili zazidani da ojačaju zidove, a u 18.veku su izgrađene male kuće i prodavnice protiv dotrajalih fasada. Interes za Crkvu kao istorijski spomenik nastao je oko 1840.godine, a na prijelazu iz 20. vijeka pojavili su se glavni planovi restauracije. Kuće pored crkve su srušene i od tada se obavlja mnogo radova na obnovi.