Započeta početkom 13.stoljeća kao zamjena za raniju romaničku crkvu, gradnja se nastavila do kraja stoljeća u lokalnom gotičkom stilu Scheldt (nazvanom po obližnjoj rijeci). Tipičan za ovaj stil je upotreba plavo-sivog kamena s područja Tournai, jedne velike kule iznad raskrižja i vitkih kupola na uglovima zgrade.
Crkva Svetog Nikole, sagrađena u starom trgovačkom centru u Gentu u blizini živahnog Korenmarkta (tržnica pšenice), bila je popularna među cehovima čiji su članovi poslovali u blizini. Cehovi su imali vlastite kapele koje su bile pričvršćene na zidove crkve u 14.i 15. stoljeću.
Središnji toranj, koji je djelomično financirao grad, služio je kao osmatračnica i nosio je gradska zvona sve dok nije izgrađen susjedni zvonik u Gentu. Bavo, još uvijek definiraju poznatu srednjovjekovnu siluetu centra grada. Jedno od blaga crkve su njezini orgulje, koje je izradio poznati francuski orguljaš Aristide Cavaillet-Coll.
Tijekom stoljeća zgrada je postupno propadala do te mjere da je prijetila njezinoj stabilnosti. Pukotine su bile prekrivene žbukom, prozori su bili izloženi ciglama kako bi ojačali zidove, a u 18.stoljeću na trošnim pročeljima izgrađene su male kuće i trgovine. Zanimanje za Crkvu kao povijesni spomenik pojavilo se oko 1840.godine, a krupni planovi obnove pojavili su se na prijelazu u 20. stoljeće. Kuće u blizini crkve srušene su i od tada su izvedene mnoge obnove.