Deze niet zo toeristische Basiliek San Clemente al Laterano vertelt de geschiedenis van Rome aan de hand van de verschillende lagen van de kerk. De huidige kerk 'San Clemente', gewijd aan paus Clemens I, werd in de 12e eeuw bovenop een kerk uit de 4e eeuw gebouwd. Daaronder zijn nog veel meer Romeinse funderingen gevonden. De huidige basiliek is een van de vele in Rome en niet de belangrijkste reden voor uw bezoek, maar er zijn resten van Romeinse huizen (500-27 v. Chr.) gevonden op 20 meter onder deze kerk. Men denkt dat de huizen tijdens het bewind van keizer Nero door een grote brand zijn verwoest en later als fundering zijn gebruikt.
Bovenop deze fundamenten werd nog een groot huis gevonden dat in de 1e eeuw was gebouwd. Dit huis diende toen als geheime kerk voor paus Clement, omdat er nog geen vrijheid van godsdienst bestond.
In de 4e eeuw, toen de vrijheid van godsdienst werd toegekend, werd bovenop de geheime kerk een basiliek gebouwd. De kerk was gewijd aan het graf van de heilige Clement, de derde opvolger van Petrus als paus. Wat deze basiliek uniek maakt, is de rijke versiering door schilders en beeldhouwers.
In 1084 werd een groot deel van de kerk verwoest door invallen van de Vikingen, waarna paus Paschal in de 12e eeuw een nieuwe kerk bovenop de oude liet bouwen. Om een sterk fundament te creëren werden delen van de oude kerk dichtgemetseld en opgevuld.
Sinds 1862 werden vele opgravingen verricht om oude structuren, mozaïeken en fresco's van de benedenkerk bloot te leggen. Wanneer u de kerk bezoekt, maakt u een reis door de verschillende lagen van haar geschiedenis.