Oprettet i 70 ' erne med det formål at indsamle og udstille de mange fund fra udgravningerne af Egnaiaia til offentligheden, er det opdelt i kronologiske sektioner og dokumenterer bosættelsens historie fra dens oprindelse indtil dens tilbagegang.Af særlig interesse er eksemplerne på tro..ella, en typisk gryde i den messapiske kultur, der er kendetegnet ved plasthjul – kaldet "tro. .e"- påført håndtagene. Ved siden af den fine apule-keramik med røde figurer er der adskillige vaser "Gnathia-stil", i sort maling med overlappende dekoration i hvid og gul, udbredt i hele Puglia.
Amforaerne, såvel som det store udvalg af artefakter, Oprindelse italiensk, afrikansk og østlig, vidner om vigtigheden af handel, som steg takket være opførelsen af havnen og via Traiana.Det smukke hoved af Attis med den typiske phrygian cap, der tilhører en statue af Hadrians alder og udskåret i hvid marmor, er et vidnesbyrd om spredningen af oprindelseskulten øst for den store mor til guderne Cybele.