بنيت قلعة نيجو في عام 1603 كمقر كيوتو لتوكوغاوا إياسو ، أول شوغون من فترة إيدو (1603-1867). أكمل حفيده Iemitsu مباني قصر القلعة بعد 23 عاما ووسع القلعة بإضافة قلعة من خمسة طوابق.
بعد سقوط شوغونات توكوغاوا في عام 1867 ، تم استخدام قلعة نيجو كقصر إمبراطوري لفترة من الوقت قبل التبرع بها للمدينة وفتح للجمهور كموقع تاريخي. يمكن القول إن مباني القصر هي أفضل الأمثلة الباقية على عمارة قصر القلعة في العصر الإقطاعي الياباني ، وتم تعيين القلعة كموقع للتراث العالمي لليونسكو في عام 1994.