Започнато в началото на 13 век като заместител на по-ранна романска църква, строителството продължава до края на века в местния готически стил Шелд (кръстен на близката река). Характерно за този стил е използването на синьо-сив камък от района на турне, единствената голяма кула над кръстовището и тънките кули в ъглите на сградата.
Построена в стария търговски център на Гент до оживения Коренмаркт (пазар на пшеница), църквата Свети Никола е популярна сред гилдиите, чиито членове извършват бизнеса си наблизо. Гилдиите са имали свои параклиси, които са били добавени към стените на църквата през 14-ти и 15-ти век.
Централната кула, която е финансирана отчасти от града, служи като наблюдателен пост и носи градските камбани до построяването на съседната камбанария на Гент. Тези две кули, заедно с катедралата Свети Баво, все още определят известния средновековен силует на центъра на града. Едно от съкровищата на църквата е нейният орган, произведен от известния френски строител на органи Аристид Каваилé-Кол.
Сградата постепенно се влошава през вековете до степен, която заплашва нейната стабилност. Пукнатините са покрити с мазилка, прозорците са зазидани, за да подсилят стените, а през 18-ти век са построени малки къщи и магазини срещу порутените фасади. Интересът към църквата като исторически паметник възниква около 1840 г., а в началото на 20-ти век се появяват големи планове за възстановяване. Къщите край църквата са разрушени и оттогава са извършени много ремонтни работи.