Розпочате на початку 13 століття як заміна більш ранньої романської церкви, будівництво тривало до кінця століття в місцевому стилі шельдської готики (названому на честь прилеглої річки). Типовим для цього стилю є використання сіро-блакитного каменю з району Турне, єдиної великої вежі над перехрестям і струнких башточок по кутах будівлі.
Церква Святого Миколая, побудована в старому торговому центрі Гента поруч із жвавим Коренмарктом( пшеничним ринком), користувалася популярністю у гільдій, члени яких вели свій бізнес поблизу. У гільдій були свої власні каплиці, які були прибудовані до стін церкви в 14 і 15 століттях.
Центральна вежа, яка частково фінансувалася містом, служила спостережним пунктом і несла міські дзвони, поки не була побудована сусідня дзвіниця Гента. Ці дві вежі, поряд з собором Святого Баво, досі визначають знаменитий середньовічний силует центру міста. Одним із скарбів церкви є її орган, виготовлений знаменитим французьким органістом Арістідом Кавайє-Коллем.
Протягом століть будівля поступово руйнувалася до такої міри, що загрожувало його стабільності. Тріщини були заліплені штукатуркою, вікна закладені цеглою, щоб зміцнити стіни, а в 18 столітті на напівзруйнованих фасадах були побудовані маленькі будиночки і магазини. Інтерес до церкви як до історичної пам'ятки виник приблизно в 1840 році, а на рубежі 20-го століття з'явилися великі плани реставрації. Будинки поруч з церквою були знесені, і з тих пір було проведено багато ремонтних робіт.