Сінагога Бэн-Эзра лічыцца самай старой сінагогай у свеце, а таксама самай працяглай. Сінагога стаяла на гэтым месцы, па меншай меры, з 9-га стагоддзя і служыла месцам пакланення для габрэйскай абшчыны Егіпта да масавага зыходу ў Ізраіль у 1950-х гадах. На працягу ўсёй сваёй гісторыі сінагога перабудоўвалася.
Першапачатковае будынак было знесена каля 1012 года пасля таго, як Фатимидский халіф аль-Хакім бі-Амр Алах загадаў знішчыць усе габрэйскія і хрысціянскія месцы пакланення. Сінагога была перабудавана паміж 1025-1040 гадамі, а затым цалкам перабудавана яшчэ раз у 1890-х гадах. Як і амаль усе сінагогі Егіпта, Бэн-Эзра сёння з'яўляецца турыстычнай славутасцю і музеем.