Ниннадзи - адзін з многіх вялікіх храмаў Кіёта, унесеных у спіс Сусветнай спадчыны. Гэта галоўны храм школы Омуро будыйскай секты Шингон, заснаваны ў 888 кіруючым імператарам. На працягу многіх стагоддзяў адзін з членаў імператарскай сям'і служыў галоўным жрацом Ниннадзи, і храм быў таксама вядомы як Імператарскі палац Омуро.
З-за шматлікіх войнаў і пажараў, якія спусташалі Кіёта на працягу ўсёй яго гісторыі, ні адно з будынкаў ад падставы храма ў 9 стагоддзі да гэтага часу не захавалася. Самыя старыя будынкі датуюцца пачаткам перыяду Эдо ў пачатку 1600-х гадоў, уключаючы галоўны зала (Кондо), зала Каннон, парадныя вароты Ниомон, Унутраныя вароты Чумон і пяціпавярховую пагаду.