Національний археологічний музей Неаполя є одним з найстаріших і найважливіших у світі завдяки багатству та унікальності спадщини та його внеску в Європейський культурний ландшафт. Походження і формування колекцій пов'язані з фігурою Карла III бурбона, на троні Неаполітанського королівства з 1734 року, і його культурною політикою: король сприяв дослідженню везувійських міст, похованих в результаті виверження 79 року н.е. (почалося в 1738 році в Геркуланумі, в 1748 році в Помпеях) і курирував створення в місті Фарнезійського музею, передаючи з резиденцій Риму і Парми частину багатої колекції, успадкованої від матері Єлизавети Фарнезе.
Він зобов'язаний синові Фердинанду IV проект возз'єднання в поточній будівлі, що виникла в кінці 1500-х років з призначенням cavallerizza і з 1616 до 1777 штаб-квартири університету, два ядра колекції Фарнезе і колекції експонатів Везувій вже виставлені в Музеї Ерколанезе в Королівському палаці Аркад.
З 1777 року будівля була порушена тривалим етапом ремонтних робіт і проектів розширення, покладених на архітекторів F. Fuga і P. Schiffarelli. Протягом десятиліття французького панування (1806-1815) були зроблені перші постановки, і з поверненням Бурбонів до Неаполя в 1816 році він отримав назву Королівського музею Бурбонів. Задуманий як універсальний музей, в ньому розміщувалися інститути і лабораторії (Королівська бібліотека, Академія малювання, майстерня папірусів...), пізніше переведені в інші місця в 1957 році.
Колекції музею, що стали національними в 1860 році, були збагачені придбанням експонатів з розкопок в місцях кампанії і Південної Італії і приватних колекцій. Перенесення картинної галереї в Каподімонте в 1957 році визначає фактичну фізіономію археологічного музею. У ньому зберігаються цінні колекції та археологічні знахідки, що виділяються між доісторичним і пізнім римським століттями, до яких додаються численні історичні колекції, в тому числі сім'ї Фарнезе, Борджіа і колекції Стародавнього Єгипту.