Музеят е построен между 1933 и 1939 г., за да побере два гигантски кораба, принадлежали на император Калигула (37-41 г. сл. Хр.), които са открити във водите на езерото между 1929 и 1931 г. Поради това той е първият музей в Италия, построен за съдържанието му - два корпуса с размери съответно 71,30 x 20 м и 73 x 24 м, които за съжаление са унищожени по време на пожар през 1944 г. Открит отново през 1953 г., музеят е затворен отново през 1962 г., а през 1988 г. е отворен отново.
В новото оформление лявото крило е посветено на корабите, от които са изложени някои материали, като реконструкцията на покрива с бронзови плочки, две котви, облицовката на носовото колело, някои оригинални или реконструирани бордови съоръжения (нория, бутална помпа, блок, платформа на сачмени лагери). Изложени са и два модела на корабите в мащаб 1:5, както и пълномащабна реконструкция на кърмовия апостил на първия кораб, върху който са поставени бронзови копия на кутиите с феринови протоми.
Дясното крило, от друга страна, е посветено на заселването на албанската територия през републиканската и императорската епоха, като се обръща специално внимание на местата за поклонение; тук са изложени вотивни материали от Велетри (С. Клементе), Камповерде (Латина), Генцано (стифата на Пантаначи) и светилището на Диана в Неми, както и материали от колекцията Русполи. Вътре в това крило може да се види и музейна част от римската настилка на клива Вирбий, която е водела от Арикия към светилището на Диана.