С момента открытия в 2001 году кардинал Карло Мария Мартини, в котором он был тогда под названием в 2017 году, Музей является точкой прибытия важного проекта, в котором дал свой решающий вклад в некоторые из крупнейших фигурки архиепископов миланских хх Века. Его происхождение восходит к первому пониманию Блаженного Ильдефонсо Шустера 1931 года, а затем возобновлено кардиналом Монтини в 1960 году, который указывает в качестве места нового музея монастыри Святого Евсторгия, одного из ключевых мест для истории христианства Амброзиана. Будет, наконец, Кардинала Мартини, в Восьмидесятые годы, трудная задача, чтобы дать начало работ по реконструкции монастыря, который был сильно поврежден в результате бомбардировок второй мировой войны, возложенных на изучение Belgiojoso.Здесь располагался, начиная с двухсот, первый доминиканский миланский монастырь и два монастыря, где находятся Музей Базилики Святого Евсторгия и епархиальный музей, поэтому то, что осталось от этого древнего монастыря.
Постоянная коллекция епархиального музея, которая занимает вторую обитель, состоит из более чем тысячи работ между II и XXI веками. Из архиепископской площади пришли коллекции миланских архиепископов (часть коллекции Монти, Висконти, Риккарди, Поццобонелли и полная коллекция Эрба Одескальчи).
Помимо картин из церквей епархии, в музее хранится значительная группа произведений богослужебной мебели. Завершают коллекцию секция, посвященная золотым фондам (в основном тосканские работы XIV и XV веков, собранные профессором Альберто Креспи и подаренные музею), а также скульптуры и картины из коллекции Екатерины Марсенаро, рисунки из коллекции Sozzani и драгоценное наследие Шуберта.
Наконец, к первому ядру скульптурных работ Луция фонтана были добавлены многочисленные работы XX и XXI веков, что свидетельствует о растущем интересе музея к современности.