Тази не толкова туристическа базилика "Сан Клементе ал Латерано" разказва историята на Рим на базата на различните пластове на църквата. Сегашната църква "Сан Клементе", посветена на папа Климент I, е построена върху църква от IV век през XII век. Под нея са открити още много римски основи. Настоящата базилика е една от многото в Рим и не е основната причина за посещението ви, но на 20 метра под тази църква са открити останки от римски къщи (500-27 г. пр. Хр.). Смята се, че къщите са били унищожени от голям пожар по време на управлението на император Нерон и по-късно са използвани като основи.
Върху тези основи е открита още една голяма къща, която е била построена през I век. Тази къща е служила за тайна църква на папа Климент по онова време, тъй като все още не е имало свобода на вероизповеданията.
През IV в., когато свободата на вероизповеданията е предоставена, върху тайната църква е построена базилика. Църквата била посветена на гроба на свети Климент, третия наследник на Петър като папа. Това, което прави тази базилика уникална, е колко богато е била украсена от художници и скулптори.
През 1084 г. голяма част от църквата е разрушена при набезите на викингите, след което през XII в. папа Паскал нарежда да се построи нова църква върху старата. За да се създаде здрава основа, части от старата църква са зазидани и запълнени.
От 1862 г. насам са проведени множество разкопки, за да бъдат разкрити древни структури, мозайки и фрески от долната църква. Когато посещавате църквата, вие пътувате през различните пластове на нейната история.