Ξεκίνησε στις αρχές του 13ου αιώνα ως αντικατάσταση μιας παλαιότερης Ρωμανικής Εκκλησίας, η κατασκευή συνεχίστηκε τον υπόλοιπο αιώνα στο τοπικό γοτθικό στιλ Scheldt (πήρε το όνομά του από τον κοντινό ποταμό). Χαρακτηριστικό αυτού του στυλ είναι η χρήση μπλε-γκρι πέτρας από την περιοχή Τουρνάι, ο ενιαίος μεγάλος πύργος πάνω από τη διασταύρωση και οι λεπτοί πυργίσκοι στις γωνίες του κτιρίου.
Χτισμένο στο παλιό εμπορικό κέντρο της Γάνδης δίπλα στο πολυσύχναστο Korenmarkt (αγορά σιταριού), η Εκκλησία του Αγίου Νικολάου ήταν δημοφιλής στις συντεχνίες των οποίων τα μέλη πραγματοποίησαν την επιχείρησή τους κοντά. Οι συντεχνίες είχαν τα δικά τους παρεκκλήσια που προστέθηκαν στις πλευρές της εκκλησίας τον 14ο και 15ο αιώνα.
Ο κεντρικός πύργος, ο οποίος χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από την πόλη, χρησίμευσε ως παρατηρητήριο και μετέφερε τις καμπάνες της πόλης μέχρι να χτιστεί το γειτονικό καμπαναριό της Γάνδης. Αυτοί οι δύο πύργοι, μαζί με τον Καθεδρικό Ναό του Αγίου Μπάβο, εξακολουθούν να ορίζουν τον περίφημο μεσαιωνικό ορίζοντα του κέντρου της πόλης. Ένας από τους θησαυρούς της εκκλησίας είναι το όργανο της, που παράγεται από τον διάσημο Γάλλο οικοδόμο οργάνων Aristide Cavaillé-Coll.
Το κτίριο σταδιακά επιδεινώθηκε κατά τη διάρκεια των αιώνων, σε βαθμό που απειλούσε τη σταθερότητά του. Οι ρωγμές επικαλύφθηκαν με γύψο, τα παράθυρα ήταν τούβλα για να ενισχύσουν τους τοίχους, και τον 18ο αιώνα, μικρά σπίτια και καταστήματα χτίστηκαν ενάντια στις ερειπωμένες προσόψεις. Το ενδιαφέρον για την εκκλησία ως ιστορικό μνημείο προέκυψε γύρω στο 1840 και στα τέλη του 20ού αιώνα εμφανίστηκαν μεγάλα σχέδια αποκατάστασης. Τα σπίτια δίπλα στην εκκλησία κατεδαφίστηκαν και από τότε έχουν πραγματοποιηθεί πολλές εργασίες ανακαίνισης.