בצד המזרחי של הפרומונטורי, מחוץ לעיר, ניצבת הכנסייה העתיקה ביותר במונמבאסיה, המוקדשת לאגיה סופיה (חוכמת האל). המיקום הוא מרהיב, על רכס סלע המשקיף על הים, שממנו טווחים הנוף על כל השטח שמסביב. כנסיית אג 'יה סופיה נבנתה במאה ה-12, לבקשת הקיסר אנדרוניקוס השני, שהקדיש אותה למרי הבתולה, ומאוחר יותר, תחת השליטה הוונציאנית, היא הפכה למנזר קתולי, וקידשה אותה לחוכמת האל, על שמה שעדיין קיים כיום אג' יה.