ARQUA є важливим джерелом для відкриття іспанської підводної спадщини у двох великих сферах. Перша - "Підводна культурна спадщина", яка зосереджена на поясненні методології, що використовується під час підводних розкопок. Дві будівлі для вражаючої сучасної структури, з'єднані нижче рівня землі і призначені для створення підводного ефекту. Всередині, цей чудовий простір містить експонати, що пояснюють сам захоплюючий процес підводної археології, а також еклектичну колекцію артефактів, що стосуються історичних кораблів, які використовувалися в давній середземноморській морській торгівлі. Цікавою особливістю є копія одного з фінікійських кораблів (7 ст. н.е.), знайдена в Мазарроні. Інша зона, відома як "Mare Hibericum", запрошує відвідувачів відкрити для себе Піренейський півострів через динамічну історію торгівлі Середземномор'я, від античності до 19 століття. Тут також знаходяться бивні слона з фінікійських часів, знайдені в Бахо-де-ла-Кампана. Це перший в Іспанії музей підводної археології. Одними з найкращих експонатів є реконструйовані поперечні розрізи кораблів, які показують, як будувалися судна і як укладалися вантажі. Є кілька дуже детальних мініатюрних діорам, що демонструють сцени портової діяльності і моделі суден різних епох.
Остання експозиція присвячена іспанському фрегату "Нуестра Сеньйора де лас Мерседес", який затонув біля берегів Португалії у 1804 році. Ця катастрофа спричинила важливу судову справу між іспанським урядом і компанією Odyssy Marine Exploration, яка займалася пошуком скарбів, в результаті чого Іспанії було повернуто викрадені артефакти на суму близько 500 млн. доларів США, в т.ч. безліч традиційних іспанських монет, які виставлені в музеї.
